El origen de la Universidad Nacional de Córdoba se remonta al primer cuarto del siglo XVII, cuando los jesuitas abrieron el Colegio Máximo, donde sus alumnos –en particular, los religiosos de esa orden– recibían clases de filosofía y teología. Este establecimiento de elevada categoría intelectual fue la base de la futura Universidad.
Bajo la tutela de los jesuitas y el impulso del Obispo Juan Fernando de Trejo y Sanabria, en 1613, aunque no estaba autorizado para otorgar grados, se iniciaron los Estudios Superiores en el Colegio Máximo de Córdoba.
Los jesuitas estuvieron a cargo de la Universidad hasta 1767, cuando fueron expulsados por resolución del Rey Carlos III. Así, la dirección de la Casa pasó a manos de los franciscanos. Durante el siglo y medio en que se extendió la administración jesuítica, la Universidad tuvo un perfil exclusivamente teológico-filosófico.
Conflictos entre franciscanos y el clero secular en disputa por la dirección de la Universidad, trajeron aparejado el re-bautismo del establecimiento, por Real Cédula del año 1800, que pasó a denominarse Real Universidad de San Carlos y de Nuestra Señora de Monserrat.
Se le otorgan los privilegios y prerrogativas de las universidades mayores existentes en España y América, y alcanzó el doble título de Real y Pontificia. Esta Real Cédula se ejecutó en 1808 con el nombramiento del Deán Dr. Gregorio Funes como Rector y demás autoridades. Desde entonces, el clero secular desplazó a los franciscanos de la conducción universitaria.
El Deán Funes, de espíritu progresista y abierto a los nuevos desarrollos de la ciencia y la técnica, proyectó profundas reformas de los estudios y la introducción de nuevas materias, como aritmética, álgebra y geometría, entre otras.