A mediados del siglo XVIII fue levantado en el lugar el Fortín punta del Sauce, para defensa contra los pampas y ranqueles. Los jesuitas dejaron testimonios de la existencia de tierras recién pobladas en ese paraje. Luego se asentó allí el comandante de frontera, sargento mayor Francisco de Oyola, con su familia quienes con autorización obispal construyen una capilla en honor a Nuestra Señora de la Merced y entronizan en el año 1737 una imagen de la Virgen traída desde Cruz Alta. Por este motivo se toma esta fecha como el comienzo de la vida institucional del poblado y los festejos centrales por su fundación se realizan cada 24 de septiembre en honor a la patrona, cumpliendo en el año 2012, 275 años de vida institucional y de la llegada de la imagen que actualmente se encuentra en la parroquia. Dependía de la gobernación del Tucumán.
En 1787 se construyó un nuevo fuerte denominado Punta del Sauce en reemplazo del «Fortín del Sauce». EL 13 de febrero de 1789, el entonces gobernador intendente de Córdoba del Tucumán y posterior virrey del Río de la Plata, el marqués español Rafael de Sobremonte, ordenó la formación de una villa. En su jurisdicción incluyó el «Fuerte de San Carlos», con el nombre de La Lusiana, y también Las Tunas y San Rafael de Loboy.
El 12 de abril de 1797, el rey Carlos IV de España otorgó, en Aranjuez, la Real Cédula que elevó al pueblo de Punta del Sauce a la categoría de Villa Real de La Carlota, nombrada así en honor al monarca.
El general José de San Martín la visitó en varias oportunidades en sus travesías entre Buenos Aires y Cuyo. Allí el 9 de octubre de 1819 el Libertador decidió desobedecer al entonces director supremo Rondeau que lo solicitaba en Buenos Aires para combatir la anarquía y mediante una carta escrita en el fuerte Punta del Sauce le hace saber que retornara a Chile para preparar su ejército y liberar al Perú.